یکی از محوری‌ترین مباحثی که علامه جعفری در عمده آثار خود، تلویحاً و تصریحاً، به آن اشاره نموده، وجدان اخلاقی است. از منظر وی، مدلول مفهوم وجدان اخلاقی، شامل ندای درونی، قطب‌نمای وجود انسانی، رهنمون‌سازی به‌سوی ایدئال‌ها می‌باشد. ایشان در دفاع از وجود وجدان اخلاقی، به شمول این قوه بین تمامی انسان‌ها صحه گذاشته است و فعالیت این قوه را مکمل فعالیت روش عقلانی می‌شمارد. در نظر علامه، کارکردهای وجدان اخلاقی می‌تواند شامل بروز عواملی چون، رشد شخصیت بشری، راهنمای مطمئن انسانی و مواردی از قبیل سرزنش و شکنجه شدن انسان باشد. تحقیقات ایشان در باب وجدان اخلاقی، کوششی بی‌بدیل است؛ اما با این همه، نظریه ایشان با انتقادهایی نیز مواجه است که از آن جمله می‌توان به تأثیر قوانین اخلاقی ـ اجتماعی بر وجدان اخلاقی، مستقل دانستن قوه وجدان اخلاقی از سایر قوا، و وجود ایدئال‌های مختلف در بین افراد و جوامع یاد کرد. علاوه بر این، علامه جعفری عمده اهتمام خویش را بر مفهوم وجدان اخلاقی معطوف کرده و از مصادیق وجدان اخلاقی کمتر سخن گفته‌ است.